No Ensino Fundamental II (6º ao 9º Ano), os alunos aprofundam os conhecimentos disciplinares e interdisciplinares mais específicos introduzidos anteriormente. A transição para uma rotina escolar mais desafiadora e independente, com um professor por matéria, é cuidadosamente trabalhada para que aconteça de maneira natural e produtiva.

Nessa fase, o Colégio enfatiza o trabalho em grupo e a participação do aluno durante as aulas, o que auxilia o amadurecimento intelectual e o exercício da autonomia. Também estimula os jovens a aplicar o conhecimento em múltiplas situações, de forma a expandir o espaço de aprendizagem da Escola, utilizando as diferentes linguagens – verbal, musical, matemática, gráfica, plástica e corporal –, através do uso de novas tecnologias, na produção de conhecimento.

Nesse período é desenvolvido o raciocínio lógico e a visão inter e multidisciplinar dos alunos, que passam a enxergar as diferentes áreas do conhecimento como um todo. Os jovens ganham maior independência e assumem novas responsabilidades, aprimorando a capacidade de argumentar, discutir e investigar.